Slepice z volného chovu jsou také více vystaveny riziku virových (ptačí chřipka) a bakteriálních onemocnění (Campylobacter a listerie) než slepice z klecového chovu.
Slepice z volného chovu jsou také více zatíženy parazity intestinálního traktu. U klecově chovaných slepic existuje větší pravděpodobnost šíření infekcí vzhledem k velké hustotě a podmínkám. Bakteriální kontaminace je nejvyšší na vaječných skořápkách od slepic z volného chovu a kontaminace skořápek od slepic z obohacených klecí je vyšší než z konvenčních klecí. V obdobné relaci je i kontaminace salmonelou. U vajec od slepic z volného chovu se doporučuje mytí vajec kvůli většímu znečistění.