Na přelomu září a října bude dokončena takzvaná monitorovací zpráva Evropské komise, která bude mít výhrady zejména v oblasti veterinární legislativy. EK poukazuje zejména na to, že stále ještě není upraveno zacházení se specifickým rizikovým materiálem při ochraně proti BSE (oddělování hovězího masa od páteře) a zajištěn zákaz zkrmování masokostních mouček.
Pokud nebudou příslušné předpisy platit, nebude možné vozit živá zvířata mezi Českem a zbytkem EU a problematický by mohl být i obchod s masem. Evropská komise zprávu zveřejní 5. listopadu.
Další vlna kritiky poukazuje na to, že stále nebyl dokončen a aplikován systém identifikace a registrace hospodářských zvířat. Ještě nebyly předloženy důkazy o existenci programů naléhavých opatření pro případ zvířecích epidemií. Komise pochybuje, že se povede dobudovat prověrkové veterinární pracoviště na ruzyňském letišti, což by znemožnilo letecký dovoz potravin živočišného původu ze zemí mimo EU.
Zatím není jasné, kolik českých podniků na zpracování živočišných surovin splní náročné hygienické předpisy unie, ani jak se EU postaví k případnému hromadnému zavírání jatek či masokombinátů českou inspekcí. V Bruselu panuje dojem, že česká strana je připravena postupovat tvrdě - podle některých expertů až zbytečně tvrdě, protože část podniků by se dala zachránit. Zároveň existují pochybnosti, zda peníze z fondu Sapard vyčleněné právě na tento účel byly vždy vynaloženy účinně. Pokud byly prostředky ze Sapardu investovány do vylepšení podniku, aby splňoval standardy EU, a on jim pak nevyhoví, musejí být beze zbytku vráceny.
