Náklady zahrnují testování skotu, náhrady za utracené vrstevnice nakažených kusů a zákaz krmení masokostní moučkou.
Od roku 2001, kdy se v ČR objevil první případ BSE, bylo vyšetřeno zhruba 950.000 kusů skotu, což představuje při průměrné ceně přibližně 1200 korun za jeden test náklady přes miliardu korun. Podílí se na nich zpracovatelé, stát a zčásti přispívá i Evropská unie.
V nejbližší době ke změně v testování nedojde. Výskytů nemoci v Evropské unii sice ubývá, ale vyšetření by bylo ukončeno až by se nové případy přestaly objevovat úplně a dlouhodobě. O případné změně musí rozhodnout EU.
Dosavadních 24 pozitivních jedinců bylo z preventivních důvodů utraceno a bylo vyšetřeno zhruba 3800 jejich vrstevnic. Stát přitom platí chovatelům za utracené kusy náhrady, které se blíží 190 milionům korun.
Některé zemědělské podniky se již s následky BSE vyrovnaly, jiné se s nimi dosud potýkají. Problémem zpravidla nebývá obnovení stáda, ale návrat k předchozí produkci mléka, který může trvat dva až tři roky. Přes kompenzace od státu a pojišťoven tak někteří chovatelé hovoří o milionových škodách, které jim z výskytu BSE vyplynuly, zejména kvůli poklesu tržeb. Značný ekonomický dopad má také zákaz zkrmování masokostních mouček hospodářským zvířatům od listopadu 2003. Do té doby se moučky nesměly dávat do krmiva jen přežvýkavcům. Podle předsedy Sdružení asanačních podniků se absolutním zákazem stala prakticky bezcennou každoroční produkce asi 60.000 tun mouček, které kafilérie dodávaly výrobcům krmiv pro kuřata či prasata. Ročně kafilérie utržily za masokostní moučky přes 400 milionů korun, což ze značné části pokrývalo náklady na likvidaci uhynulých zvířat a jatečného odpadu.
Od té doby se moučky dodávají převážně cementárnám ke spálení, z čehož je příjem mizivý. Například zemědělce stojí likvidace mrtvých zvířat podstatně více; za uhynulou krávu zaplatí kafilerii 2500 až 3000 korun.
V krmných směsích pro kuřata a prasata musela být navíc živočišná bílkovina z mouček nahrazena rostlinnou v podobě soji, což tehdy krmiva zdražilo řádově o stokoruny na tunu. Soja, jejíž cena kolísá, byla zlevněna, a dnes už vliv v nákladech na krmiva není významný.
Krmiváři navíc museli v rámci preventivních opatření proti BSE investovat řádově stovky milionů korun do oddělení výrobních linek pro skot a ostatní zvířata. V roce 2001 klesla poptávka po hovězím mase. Důvěru spotřebitelů se díky testování a dalším preventivním opatřením podařilo obnovit, spotřeba se ale již na předchozí úroveň nevrátila a byla nahrazena masem drůbežím.
