Hlavní funkcí státního veterinárního dozoru nejsou pouze kontroly v tržní síti,

ale především při výrobě potravin živočišného původu.

Rutinní i cílené kontroly státního veterinárního dozoru v tržní síti budou v r. 2006 pokračovat. Finální kontroly mají za cíl potvrdit funkčnost celého systému. Zásadním a v podstatě nejdůležitějším cílem státního veterinárního dozoru při výrobě potravin živočišného původu je zajistit, aby potraviny uváděné do oběhu splňovaly podmínky zdravotní nezávadnosti. Vloni byla zjištěna různá pochybení, ale přesto nedošlo k ohrožení zdraví spotřebitelů. Nejčastější problémy, které veterinární inspektoři zjišťují, jsou chybná značení výrobků, problémy se skladováním a pochybení v dodržování stavebně technologických zásad, na což v některých případech upozornily i mise z FVO (Potravinového a veterinárního úřadu DG SANCO).