Ministerstvo zemědělství v roce 2000 sbíralo kvůli chystanému zavedení mléčných kvót informace o prodeji mléka. Za tyto informace vyplatilo zemědělcům zhruba 358 miliónů korun. Jak ale vyplynulo z šetření Nejvyššího kontrolního úřadu (NKÚ), údaje nebyly úplné a v některých případech byly i nesprávné.
Získané údaje NKÚ prověřoval kvůli poskytování státních finančních prostředků na vybrané podpůrné programy v zemědělství. Podle NKÚ některé zemědělské agentury nejvíce pochybili v tom, že poskytly podporu, aniž by si získané informace prověřili. MZe pak dále nezhodnotilo účinnost podpůrného programu ani nezpracovalo jeho analýzu.
Tuto kritiku ze strany NKÚ ministerstvo akceptuje a přistoupilo k nápravnému opatření. Nesouhlasí však s tím, že jednotlivé odbory nezjistili chyby v žádosti o podporu a při kontrole příjemců a přesto podporu poskytly.
V pořadí druhým kontrolovaným programem byl chov skotu, ovcí, koz a koní na trvalých travních porostech.
Podle NKÚ nelze z analýzy dotační politiky za rok 2000 zjistit, zda se podařilo stanovený účel splnit. K dispozici totiž nejsou údaje o počtu krav bez tržní produkce mléka a ostatních zvířat v porovnání s rokem 1999.
