Bakterie a mikroskopické houby, které se bez formálního schvalování používají v Evropě k produkci fermentovaných potravin, jsou stejné jako ty, které se používají k výrobě krmiv a jsou předmětem přísného schvalování z hlediska bezpečnosti. Tato bizarní skutečnost je projednávána v Komisi, která navrhuje, aby byl přijat systém podobný americkému GRAS (uznání jako všeobecně bezpečné).
Pomocí bakterií a mikroskopických hub jsou vyráběny alkoholické nápoje, mléčné výrobky, kynutá těsta, kysaná zelenina a ovoce, masné výrobky a dokonce i čaj a káva. Používá se přitom široké spektrum mikroorganismů rodů Lactobacillus, Lactococcus a Staphylococcus po Candida, Penicillium a Aspergillus. Některé z těchto potravin jsou vyráběny pomocí startovacích kultur, ale častěji se jedná o spontánní kvašení, i když probíhá v průmyslových podmínkách. Důvod, kterým je v případě krmiv faktor rezistence vůči antibiotikům, nemá význam, když je týž mikroorganismus použit pro výrobu tradičních potravin. Kvalifikovaný schvalovací systém, který by harmonizoval posuzování bezpečnosti v důsledku mikroorganismů v celém potravinovém řetězci nebyl doposud zpracován.
