Na území České republiky je v současné době 16 zoologických zahrad.
ZOO BRNO (vznik: 1953) - Chová přibližně 1000 zvířat tří set druhů a patří k ní i stálá akvarijní výstava v centru města. Mezi chovatelské úspěchy se řadí například první chov šimpanzů v někdejším Československu nebo čtvrtý umělý chov ledního medvěda na světě.
ZOO DĚČÍN (vznik: založena 1948, otevřena 1949) - Chová 130 druhů zvířat. Známá je odchovem kamzíků v zajetí. Zaměřuje se především na chov kriticky ohrožených a vzácných druhů zvířat, některé z nich lze v ČR spatřit pouze v Děčíně.
ZOO DVŮR KRÁLOVÉ (vznik: 1946) - Jedna z největších a nejznámějších zoo v zemi. Největší chovatel žiraf na světě a největší chovatel afrických zvířat v Evropě. Specializuje se na africkou faunu. Chová více než 2500 zvířat ve 415 druzích. Je jedinou zoo na světě, které se daří množit kriticky ohroženého nosorožce tuponosého. Její součástí je africké safari.
ZOO HODONÍN (vznik: 1975) - Chová přes 500 kusů tuzemské i exotické zvěře ve více než 140 druzích, z toho je přes 70 ohrožených druhů světové fauny. Ze vzácných druhů zvířat jsou zde například šimpanzi, giboni, exotičtí ptáci a tygři ussurijští.
ZOO CHLEBY, Nymbursko (vznik: 1997) - Nejmladší a nejmenší česká zoologická zahrada je jediným zařízením svého druhu ve středních Čechách. Existuje jako obecně prospěšná společnost. V roce 2004 získala státní licenci. Chová kolem 50 druhů zvířat. Specializuje se na vzácné a ohrožené druhy ptactva.
PODKRUŠNOHORSKÝ ZOOPARK CHOMUTOV (vznik: 1975) - Rozlohou (112 hektarů) největší zoo v ČR. Chová 1000 kusů zvířat 175 druhů. Specializuje se na faunu palearktických oblastí (Evropa a Asie mimo její tropické části) a domácí zvířata.
ZOO JIHLAVA (vznik: 1957) - Jedna z prvních zoo bez mříží v ČR. Chová více než 100 druhů zvířat. Specializuje se na chov kočkovitých šelem, opic a plazů. Má největší kolekci drápkatých opic v ČR.
ZOO LIBEREC (vznik: založena 1904, otevřena 1919) - Nejstarší zoologická zahrada v ČR. Chová tisícovku zvířat ve 170 druzích z celého světa. Specializuje se na chov oslů-onagerů. Má chovnou stanici zubrů a největší skupinu šimpanzů v ČR.
ZOO OHRADA, HLUBOKÁ NAD VLTAVOU (vznik: 1939) - Minizoo; specializuje se na jihočeskou faunu, zejména na vodní ptactvo. K chovatelským úspěchům patří například pravidelné odchovy medvědů, vlků, koček divokých a jezevců.
ZOO OLOMOUC (vznik: 1956) - Chová 326 druhů zvířat. Specializace na žirafy, africké kopytníky a severskou faunu. Největší skupina žiraf Rotschildových. Řada úspěšných odchovů.
ZOO OSTRAVA (vznik: 1960; od 1951 provizorní zoo) - Rozlohou patří k největším zoo v ČR. Chová přes 750 zvířat ve 150 druzích. Specializace na chov plameňáků, aligátorů, kajmanů, orlů a supů.
ZOO PLZEŇ (vznik: 1926) - Od roku 1963 působí v areálu na Lochotíně. Chová 200 druhů zvířat o 650 exemplářích. Specializuje se na terarijní zvířata. Chová mimo jiné varany komodské, nejmohutnější ještěry světa.
ZOO PRAHA (vznik: 1931) - Nejnavštěvovanější česká zoo (loni rekordních 1,2 milionu lidí).
Chová 630 druhů zvířat ve 4500 exemplářích. Proslavila se chovem koně Převalského. V posledních letech zažívá mohutný rozvoj, přibyly nové pavilony (želv, goril, Africký dům, Indonéská džungle). Katastrofu a smrt řady zvířat znamenala pro zoo povodeň v srpnu roku 2002.
ZOO ÚSTÍ NAD LABEM (vznik: 1957) - Žije zde 1500 zvířat 230 druhů. Nespecializuje se na zvířata konkrétní oblasti, ale chová a rozmnožuje vzácné a ohrožené druhy. Podařilo se jí rozmnožit mimo jiné orangutana bornejského nebo levharta mandžuského.
ZOO VYŠKOV (vznik: 1956) - Zoopark specializovaný na domácí a hospodářská zvířata z celého světa a velké přežvýkavce. Chová zhruba 200 kusů zvířat v 78 druzích. Má jediné stádo gajalů v ČR.
ZOO ZLÍN - LEŠNÁ (vznik: 1948) - Biopark s prostornými expozicemi zvířat, ve kterých žijí společně savci a ptáci různých zoologických řádů. Areál je členěn do zoogeografických oblastí podle světadílů. Jako jediná v ČR
chová chápany středoamerické.
