Od roku 2001 stálo vyšetření skotu v ČR více než 1,2 miliard korun.
Přibližně tři čtvrtiny nákladů na vyšetření skotu zaplatili tuzemští zpracovatelé a chovatelé. Od prvního výskytu nemoci v ČR, který byl zaznamenán v roce 2001, potvrdila vyšetření 28 případů BSE z 1,22 milionu testovaných zvířat. BSE je nyní v ČR i v celé Evropě na ústupu. Veterinární lékaři loni v českých chovech zaznamenali pouze dvě pozitivní krávy, o jednu méně než v roce 2006.
Od roku 2001 bylo na BSE v ČR vyšetřeno 1,220.458 krav, přičemž jeden test stojí 1035 korun. Za vyšetření má provozovatel jatek povinnost zaplatit 750 korun, zbytek hradí stát; majitelé jatek náklady na testování účtují chovatelům. Vyšetřování uhynulých zvířat je hrazeno celé ze státního rozpočtu. Na testování krav přispívá i Evropská unie, a to šesti eury na jedno vyšetření.
Celkové náklady spojené s preventivními opatřeními proti BSE jdou v ČR do miliard korun. Vedle výdajů na testování skotu a na náhrady za utracené vrstevnice nakažených kusů měl nemalé finanční dopady i zákaz krmení hospodářských zvířat masokostní moučkou. Další peníze stály například změny ve výrobě krmiv. BSE se podepsala také na spotřebě hovězího masa. Podle odborníků jsou náklady sice nemalé, ale za jistotu spotřebitelů vynaložené peníze stojí. Poslední pozitivní kus na BSE byl potvrzen loni v prosinci u desetileté uhynulé krávy v chovu ve Fojtovicích v Ústeckém kraji.
