Půda je zatopená nejméně v 29 okresech
Zatopeno může být až 80.000 hektarů pozemků, což by odpovídalo téměř dvěma procentům zemědělské půdy v České republice. Prudkými dešti jsou zničeny plochy brambor, kukuřice i obilovin. Dlouhodobým podmáčením některé porosty hynou a podehnívají.
Nejvíce zatopené půdy, téměř čtvrtina, je v okrese Plzeň-Sever, na druhém místě je Plzeň-Jih, třetím okresem pak České Budějovice. Z mnoha míst není monitoring záplav nahlášen, např. z významného Litoměřicka, známého pěstováním zeleniny, které povodeň významně zasáhla.
Pod vodou je zhruba 250 hektarů chmelnic na Rakovnicku a Lounsku. Na Mostecku v rozvodněném potoce uhynulo osm jehňat a tři krávy. Povodní je postiženo i 140 rybníků v Rybářství Třeboň.
Agrární komora připravuje materiální i finanční pomoc pro vodou zasažené farmy. Státní zemědělský intervenční fond (SZIF) zahájil evidenci škod farmářů. Žadatelé o dotace mohou kontaktovat regionální pobočky SZIF, inspektoři vyhodnotí s farmářem stav škod. Ministerstvo zemědělství chce záplavami zasaženým farmářům pomoci dřívějším vyplacením záloh na dotace.