Líhně jako mixážní nádoba mikrobiální diverzity: Genomická charakterizace virulentních a rezistentních kmenů Escherichia coli

Papoušková A., Masaříková M., Palkovičová J., Foltýn M., Čížek A. Líhně jako mixážní nádoba mikrobiální
diverzity: Genomická charakterizace virulentních a rezistentních kmenů Escherichia coli. APEC, ESBL/AmpC-producing Escherichia coli, hatchery microflora, early colonization, potential pathogens. Veterinářství 2026;76(4):202-208.

SOUHRN
Prostředí líhní představuje klíčový faktor ovlivňující časnou kolonizaci jednodenních kuřat (JDK) a může být významným rezervoárem potenciálně patogenních a antibioticky rezistentních kmenů Escherichia coli. Cílem této studie bylo pomocí celogenomového sekvenování (WGS) charakterizovat genetický profil kmenů E. coli izolovaných ze skořápek a prachu z líhňových boxů a posoudit jejich patogenní a zoonotický potenciál. V letech 2019–2023 bylo analyzováno 83 vzorků pocházejících od 21 dodavatelů. Izolace E. coli byla úspěšná u 94,0 % vzorků, přičemž 62,2 % izolátů splňovalo kritéria pro aviární patogenní E. coli (APEC). Na základě selekčních kritérií bylo k WGS vybráno 91 izolátů, včetně 17 kmenů rezistentních k cefalosporinům třetí generace (3GC). Byly identifikovány epidemiologicky významné linie, včetně zoonoticky relevantních: ST117, ST23/ST88 , ST131 a ST1485. Analýza SNP prokázala výskyt blízce příbuzných klonů napříč vzorky v krátkých časových intervalech, což svědčí pro opakovanou introdukci a krátkodobou perzistenci kmenů v prostředí líhně. Výsledky studie potvrzují, že líhně představují významný zdroj i rezervoár virulentních a rezistentních kmenů E. coli s potenciálním dopadem na zdraví drůbeže i člověka. Efektivní kontrola mikrobiální kontaminace jednodenních kuřat proto vyžaduje komplexní přístup napříč celým produkčním řetězcem.

SUMMARY
The hatchery environment is a key factor influencing the early colonization of day-old chicks and can be a significant reservoir of potentially pathogenic and antibiotic-resistant Escherichia coli strains. The aim of this study was to characterize the genetic profile of E. coli strains isolated from hatchery shells and dust using whole-genome sequencing (WGS) and to assess their pathogenic and zoonotic potential. 83 samples from 21 suppliers were analyzed between 2019 and 2023. E. coli isolation was successful in 94.0% of samples, with 62.2% of isolates meeting the criteria for avian pathogenic E. coli (APEC). Based on the selection criteria, 91 isolates were selected for WGS, including 17 strains resistant to third-generation cephalosporins (3GC). Epidemiologically significant lineages were identified, including zoonotically relevant ones: ST117, ST23/ST88, ST131 and ST1485. SNP analysis demonstrated the occurrence of closely related clones across samples at short time intervals, suggesting repeated introduction and short-term persistence of strains in the hatchery environment. The results of the study confirm that hatcheries represent a significant reservoir of virulent and resistant E. coli strains with potential impact on poultry and human health. Effective control of microbial contamination of day-old chicks therefore requires a comprehensive approach across the entire production chain.*