Z kontrolního závěru prezentovaného na internetových stránkách Nejvyššího kontrolního úřadu (NKÚ) vyplývá, že ministerstvo zemědělství a kontrolované organizace - Česká zemědělská a potravinářská inspekce (ČZPI), Výzkumný ústav rostlinné výroby (VÚRV) a Výzkumný ústav živočišné výroby (VÚŽV) porušily zásady a zákony při pořízení investičního majetku za desítky miliónů korun.
Nejvyšší kontrolní úřad zjistil u ministerstva nedostatky při vynakládání finančních prostředků na pořízení a technickou obnovu investičního majetku. Prostředky státního rozpočtu byly kontrolovanými osobami v období od roku 1997 do 2000 nehospodárně použity v 52 případech a jejich celková výše činila 27,6 miliónu korun. MZe například v roce 1998 provedlo rekonstrukci ubytovny za 6,5 miliónu korun a stavbu garáží v ceně 1,8 miliónu korun, přičemž rozpočtové prostředky použilo na stavby realizované bez stavebního povolení.
NKÚ rovněž poukazuje na nedostatky při zadávání veřejných zakázek. Veřejná obchodní soutěž nebyla vyhlášena ve třech případech a v devíti případech kontrolované osoby nepostupovaly podle zákona. Touto cestou pořídily investiční majetek za 61 miliónů korun. Nejvýraznější podíl má ČZPI, která v rozporu se zákonem o zadávání veřejných zakázek pořídila majetek za 43,6 miliónu korun.
Instituce rovněž nesprávně účtovaly o pořízeném investičním majetku. Opožděně účtovaly o investičním majetku za téměř 40 miliónů korun a postupy účtování nedodržely u majetku za 13,4 miliónu korun. Dalším nedostatkem, který úřad kontrolovaným osobám vytkl, je nedodržování limitů pro poskytování záloh dodavatelům. Celková výše neoprávněně poskytnutých záloh činila téměř devět miliónů korun.
