Laboratoře, které posuzují zdravotní nezávadnost potravin a chtějí, aby jejich výsledky v určitých případech mohly být využity jako podklad pro rozhodování státního veterinárního dozoru, musejí být akreditované. Akreditaci v tomto případě uděluje Český institut pro akreditaci. Takové laboratoře musejí mimo jiné prokázat i nezávislost, to znamená nezávislost na zpracovatelských podnicích, jejichž výrobky vyšetřují.
Toto se týká zejména těch laboratoří, které vznikly z laboratoří podnikových. Zde platí, že laboratoř nesmí být závislá na závodě, ze kterého pochází výrobek určený k posouzení. V takovém případě by laboratoř nemohla jednoznačně prokázat nezávislost, a proto nemůže získat požadovanou akreditaci.
Státní veterinární správa ČR se právě chystá míru nezávislosti akreditovaných laboratoří prověřovat.
Problémů s nezávislostí vyšetřování potravinářských výrobků se týkal odborný seminář, který pořádala v polovině června Evropská komise v Bruselu, a kterého se zúčastnil Josef Holejšovský, ústřední ředitel Státní veterinární správy ČR.
Zdravotně nezávadné potraviny živočišného původu na pultech obchodů procházejí v průběhu výroby celou řadou kontrol, jak na počátku, kdy vznikají suroviny, přes kontrolu kvality a zdravotní nezávadnosti jejich zpracování až po finále, a to je kontrola způsobu jejich prodeje. Podle Josefa Holejšovského záleží na všech stupních kontroly a je nutné vždy dbát na to, aby laboratorní vyšetřování potravin bylo prováděno na vysoké odborné úrovni a v laboratořích, které jsou zcela nezávislé na jejich výrobci.
